Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Application Virtualization Sequencer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Application Virtualization Sequencer ondersteunt zijn .SPRJ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Application Virtualization Sequencer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Application Virtualization Sequencer.
Microsoft Application Virtualization Sequencer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Application Virtualization Sequencer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Application Virtualization Sequencer.