Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Metal Gear Solid ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Metal Gear Solid ondersteunt zijn .MGZ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Metal Gear Solid op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Metal Gear Solid.
Metal Gear Solid kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Metal Gear Solid en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Metal Gear Solid.