Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Merge OS X ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Merge OS X ondersteunt zijn .COMPARISON. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Merge OS X op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Merge OS X.
Merge OS X kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Merge OS X en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Merge OS X.