Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Merak Peep ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Merak Peep ondersteunt zijn .PEX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Merak Peep op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Merak Peep.
Merak Peep kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Merak Peep en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Merak Peep.