Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Medusa ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Medusa ondersteunt zijn .SHE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Medusa op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Medusa.
Medusa kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Medusa en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Medusa.