Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MediaTracker ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MediaTracker ondersteunt zijn .MTC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MediaTracker op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MediaTracker.
MediaTracker kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MediaTracker en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MediaTracker.