Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MD5summer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MD5summer ondersteunt zijn .MD5. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MD5summer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MD5summer.
MD5summer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MD5summer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MD5summer.