Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Master Genealogist ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Master Genealogist ondersteunt zijn .PJC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Master Genealogist op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Master Genealogist.
Master Genealogist kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Master Genealogist en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Master Genealogist.