Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Manga Creator ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Manga Creator ondersteunt zijn .CBT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Manga Creator op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Manga Creator.
Manga Creator kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Manga Creator en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Manga Creator.