Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Mandelbrot Explorer ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Mandelbrot Explorer ondersteunt zijn .FRR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Mandelbrot Explorer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Mandelbrot Explorer.
Mandelbrot Explorer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Mandelbrot Explorer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Mandelbrot Explorer.