Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MAGIX Audio Cleaning Lab ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MAGIX Audio Cleaning Lab ondersteunt zijn .H0. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MAGIX Audio Cleaning Lab op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MAGIX Audio Cleaning Lab.
MAGIX Audio Cleaning Lab kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MAGIX Audio Cleaning Lab en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MAGIX Audio Cleaning Lab.