Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MagicISO ondersteunt minimaal 25 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MagicISO ondersteunt zijn .BIN. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MagicISO op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MagicISO.
MagicISO kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MagicISO en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MagicISO.