Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Magic: The Gathering Online ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Magic: The Gathering Online ondersteunt zijn .DEK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Magic: The Gathering Online op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Magic: The Gathering Online.
Magic: The Gathering Online kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Magic: The Gathering Online en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Magic: The Gathering Online.