Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Magic Set Editor ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Magic Set Editor ondersteunt zijn .MSE-INSTALLER. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Magic Set Editor op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Magic Set Editor.
Magic Set Editor kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Magic Set Editor en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Magic Set Editor.