Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Maestro ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Maestro ondersteunt zijn .PRJ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Maestro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Maestro.
Maestro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Maestro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Maestro.