Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. M-Tron Pro ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die M-Tron Pro ondersteunt zijn .CPT2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in M-Tron Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door M-Tron Pro.
M-Tron Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via M-Tron Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door M-Tron Pro.