Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. LyX/Mac ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die LyX/Mac ondersteunt zijn .STY. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in LyX/Mac op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door LyX/Mac.
LyX/Mac kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via LyX/Mac en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door LyX/Mac.