Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Logos Bible Software ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Logos Bible Software ondersteunt zijn .LSF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Logos Bible Software op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Logos Bible Software.
Logos Bible Software kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Logos Bible Software en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Logos Bible Software.