Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Logger Pro ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Logger Pro ondersteunt zijn .CMBL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Logger Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Logger Pro.
Logger Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Logger Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Logger Pro.