Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Little Setup Builder ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Little Setup Builder ondersteunt zijn .LTB. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Little Setup Builder op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Little Setup Builder.
Little Setup Builder kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Little Setup Builder en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Little Setup Builder.