Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Lex ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Lex ondersteunt zijn .L. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Lex op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Lex.
Lex kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Lex en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Lex.