Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Lahey Fortran ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Lahey Fortran ondersteunt zijn .EER. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Lahey Fortran op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Lahey Fortran.
Lahey Fortran kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Lahey Fortran en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Lahey Fortran.