Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Komodo Professional ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Komodo Professional ondersteunt zijn .KPF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Komodo Professional op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Komodo Professional.
Komodo Professional kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Komodo Professional en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Komodo Professional.