Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Kega Fusion ondersteunt minimaal 6 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Kega Fusion ondersteunt zijn .GEN. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Kega Fusion op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Kega Fusion.
Kega Fusion kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Kega Fusion en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Kega Fusion.