Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. KayakFoundry ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die KayakFoundry ondersteunt zijn .YAK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in KayakFoundry op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door KayakFoundry.
KayakFoundry kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via KayakFoundry en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door KayakFoundry.