Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. JUDE/Professional ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die JUDE/Professional ondersteunt zijn .JUDE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in JUDE/Professional op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door JUDE/Professional.
JUDE/Professional kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via JUDE/Professional en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door JUDE/Professional.