Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. JSA Generator ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die JSA Generator ondersteunt zijn .JSR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in JSA Generator op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door JSA Generator.
JSA Generator kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via JSA Generator en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door JSA Generator.