Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. .joe Editor ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die .joe Editor ondersteunt zijn .JOE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in .joe Editor op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door .joe Editor.
.joe Editor kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via .joe Editor en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door .joe Editor.