Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Jewel Quest III ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Jewel Quest III ondersteunt zijn .JQ3SAVEGAME. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Jewel Quest III op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Jewel Quest III.
Jewel Quest III kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Jewel Quest III en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Jewel Quest III.