Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. jEEPers ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die jEEPers ondersteunt zijn .PFG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in jEEPers op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door jEEPers.
jEEPers kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via jEEPers en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door jEEPers.