Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Java Web Start ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Java Web Start ondersteunt zijn .JNLP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Java Web Start op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Java Web Start.
Java Web Start kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Java Web Start en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Java Web Start.