Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Java Structure Viewer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Java Structure Viewer ondersteunt zijn .JSV. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Java Structure Viewer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Java Structure Viewer.
Java Structure Viewer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Java Structure Viewer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Java Structure Viewer.