Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Java IPS Patcher ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Java IPS Patcher ondersteunt zijn .IPS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Java IPS Patcher op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Java IPS Patcher.
Java IPS Patcher kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Java IPS Patcher en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Java IPS Patcher.