Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Janome Digitizer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Janome Digitizer ondersteunt zijn .JEF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Janome Digitizer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Janome Digitizer.
Janome Digitizer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Janome Digitizer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Janome Digitizer.