Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ISO Master ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ISO Master ondersteunt zijn .ISO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ISO Master op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ISO Master.
ISO Master kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ISO Master en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ISO Master.