Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ISE WebPACK ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ISE WebPACK ondersteunt zijn .XSVF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ISE WebPACK op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ISE WebPACK.
ISE WebPACK kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ISE WebPACK en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ISE WebPACK.