Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ISAPI Loader ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ISAPI Loader ondersteunt zijn .BACKUP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ISAPI Loader op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ISAPI Loader.
ISAPI Loader kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ISAPI Loader en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ISAPI Loader.