Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. iPhone Configuration Utility OS X ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die iPhone Configuration Utility OS X ondersteunt zijn .MOBILECONFIG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in iPhone Configuration Utility OS X op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door iPhone Configuration Utility OS X.
iPhone Configuration Utility OS X kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via iPhone Configuration Utility OS X en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door iPhone Configuration Utility OS X.