Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Intuition ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Intuition ondersteunt zijn .MTML. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Intuition op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Intuition.
Intuition kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Intuition en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Intuition.