Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Integrative Genomics Viewer ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Integrative Genomics Viewer ondersteunt zijn .IGV. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Integrative Genomics Viewer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Integrative Genomics Viewer.
Integrative Genomics Viewer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Integrative Genomics Viewer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Integrative Genomics Viewer.