Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Insight Segmentation and Registration Toolkit ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Insight Segmentation and Registration Toolkit ondersteunt zijn .TXX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Insight Segmentation and Registration Toolkit op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Insight Segmentation and Registration Toolkit.
Insight Segmentation and Registration Toolkit kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Insight Segmentation and Registration Toolkit en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Insight Segmentation and Registration Toolkit.