Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Insaniquarium Deluxe ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Insaniquarium Deluxe ondersteunt zijn .FP2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Insaniquarium Deluxe op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Insaniquarium Deluxe.
Insaniquarium Deluxe kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Insaniquarium Deluxe en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Insaniquarium Deluxe.