Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Inno Setup ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Inno Setup ondersteunt zijn .DAT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Inno Setup op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Inno Setup.
Inno Setup kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Inno Setup en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Inno Setup.