Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Infected Windows systems ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Infected Windows systems ondersteunt zijn .QIT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Infected Windows systems op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Infected Windows systems.
Infected Windows systems kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Infected Windows systems en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Infected Windows systems.