Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. iGrafx FlowCharter ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die iGrafx FlowCharter ondersteunt zijn .FTM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in iGrafx FlowCharter op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door iGrafx FlowCharter.
iGrafx FlowCharter kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via iGrafx FlowCharter en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door iGrafx FlowCharter.