Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. iBooks Author ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die iBooks Author ondersteunt zijn .IBOOKS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in iBooks Author op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door iBooks Author.
iBooks Author kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via iBooks Author en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door iBooks Author.