Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Hyper Publish ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Hyper Publish ondersteunt zijn .AEH. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Hyper Publish op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Hyper Publish.
Hyper Publish kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Hyper Publish en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Hyper Publish.