Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Homeworld 2 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Homeworld 2 ondersteunt zijn .SGA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Homeworld 2 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Homeworld 2.
Homeworld 2 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Homeworld 2 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Homeworld 2.