Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. HNF Split & Merge ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die HNF Split & Merge ondersteunt zijn .HNF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in HNF Split & Merge op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door HNF Split & Merge.
HNF Split & Merge kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via HNF Split & Merge en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door HNF Split & Merge.