Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. HJSplit ondersteunt minimaal 32 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die HJSplit ondersteunt zijn .001. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in HJSplit op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door HJSplit.
HJSplit kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via HJSplit en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door HJSplit.